無菌條件是植物組織培養成功的關鍵因素。接種室應保持清潔和無菌，因此墻壁、地板和天花板應光滑無縫，以避免灰塵和微生物的積累。窗戶應用雙層玻璃密封，防止昆蟲、灰塵和微生物進入。大型組織培養室通常在接種室的入口處設有風淋室。小型和微型組織培養室可設計為不帶風淋室的制劑室。在進入滅菌接種室之前，應進行必要的清潔。接種室應配備空調裝置，通風主要依靠空調，或安裝空氣凈化器。為減少室內細菌數量，大中型組織培養室在接種室(及制劑室)設置臭氧機，每天進行滅菌消毒;如果資金緊張，至少需要安裝紫外線燈進行照射殺菌。
接種室要求配備單人或雙人超凈工作臺，接種用酒精燃燒器、各種醫用鑷子、剪刀、手術刀、接種針、過濾滅菌器、存放70%、95%酒精或酒精棉球的罐、試管架、臺、臺車(用于放置、運輸培養瓶)以及上述臭氧機、空氣凈化器等工具。超凈工作臺需要定期清洗過濾膜。
